Muchos movimientos espirituales surgieron con la intención de ayudar a los indios a adaptarse a la conmoción provocada por la llegada de los blancos. Los antropólogos llaman «nativistas» a estos movimientos, porque representan un intento por parte de los pueblos nativos de asegurar la supervivencia de la cultura aborigen, en cualquier forma que sea necesaria, frente a los esfuerzos por asimilarlos. Los movimientos nativistas norteamericanos pretendían reafirmar los valores de los nativos allí donde las condiciones alteradas habían privado de significado a las antiguas ceremonias o las habían convertido en incongruentes, como sucedía con las celebraciones en honor de unos parajes donde el pueblo ya no vivía.
Existían dos tipos de movimientos nativistas: los de «revitalización» y los «milenaristas». Ambos eran sincréticos -es decir, adoptaban algunas de las creencias y prácticas de la cultura dominante-, pero en diferentes grados. En los movimientos del primer tipo, los indios conseguían aplacar las críticas de los blancos adoptando algunos formalismos y símbolos cristianos, y eliminando elementos tradicionales que los misioneros consideraban paganos, satánicos o supersticiosos. Algunos movimientos de revitalización, como el de Lago Hermoso y el de la Iglesia Americana Nativa se Organizaban en congregaciones similares a las de las iglesias cristianas. Estos movimientos permitían que el cuerpo central de creencias tradicionales sobreviviera camuflado bajo el disfraz del cristianismo.
El segundo tipo de movimientos nativistas, por lo general más combativos, es el de los «milenaristas». Estos movimientos surgieron en un período en el que la invasión blanca era tan rápida que la cultura tradicional corría peligro de colapso inmediato. Algunos movimientos milenaristas, aunque no todos, estaban dirigidos por profetas. Casi todos comenzaron con un profeta que predicaba el inminente final del orden vigente, y el retorno a la vida tradicional.
Algunos estudiosos opinan que los profetas nativistas indios surgieron como consecuencia del contacto con la tradición profética cristiana. Los movimientos milenaristas en particular parecen inspirados en la exhortación de Jesús a los judíos para que recuperaran sus valores tradicionales, y en su promesa de que Dios barrería el orden vigente para fundar un reino espiritual que duraría un milenio (de ahí el apelativo «milenarista»). Sin embargo, otros expertos alegan que los profetas nativos tenían un antecedente en una ceremonia anterior al contacto, llamada la Danza del Profeta, que era una danza comunal en la que tenían lugar profecías, exhortaciones y trances. En cualquier caso, los profetas nativos fueron innovadores deseosos de comunicar a sus pueblos nuevas creencias y prácticas.
Por lo general, los profetas surgían en las circunstancias más adversas, como las que tuvieron que sufrir los sénecas antes de la aparición de Lago Hermoso. Muchos de ellos eran hombres sagrados, como Wodziwob, el profeta paiute, pero otros carecían de formación espiritual aunque poseían dotes oratorias o políticas. Casi todos se hicieron profetas tras haber experimentado sueños o visiones personales.
El primer gran movimiento de revitalización fue el de Lago Hermoso, también llamado Religión de la Casa Larga, y surgió en el noreste. Este movimiento sincrético comenzó en 1799 entre los sénecas, un pueblo de la Liga Iroquesa. Después de la guerra de Independencia (1775-1783), en la que los sénecas se aliaron con los británicos, las tierras de los sénecas fueron confiscadas, vendidas o robadas. La comida escaseaba y el alcoholismo agravaba el peligro de colapso social. Fue entonces cuando Lago Hermoso, hermano de un jefe, soñó que tenía un encuentro con espíritus, que aconsejaron a los sénecas abandonar el alcohol y todos los bailes, excepto una «Danza de la Adoración». También les aconsejaron que convivieran en paz con los blancos. La visión de Lago Hermoso incluía un cielo y un infierno sólo para indios. Los que creían en su «Buen Mensaje» se reunían cada semana en una casa larga para practicar el culto. La religión tuvo mucho éxito entre las Seis Naciones y se ha seguido practicando hasta nuestros días.A comienzos del siglo XIX se dieron a conocer otros movimientos, como el del profeta shawni y el de la profetisa ojibwa, una carismática mujer sin nombre conocido que, al parecer, recorría la región norte del río Columbia. Es posible que fuera ella quien inspiró al profeta wanpum Smohalla, «El Predicador», uno de los profetas más famosos de la costa noroeste. Smohalla era un hombre sagrado del valle del río Columbia, que en 1860 empezó a predicar un mensaje que, según él, procedía del reino de los espíritus. La esencia de su profecía era que la suerte de los indios cambiaría a mejor si se negaban a adoptar prácticas de los blancos que «herían» a la Madre Tierra, como la minería y el arado de los campos. Las profecías de Smohalla sirvieron de base a muchas Danzas de los Espíritus de la costa y las llanuras del noroeste.
Smohalla inspiró, además, varios movimientos nativistas en California, donde el grave deterioro cultural dio origen a una rápida sucesión de movimientos a finales del siglo XIX. Uno de ellos, el Bole-Maru, combinaba los valores tradicionales con ideas dualistas de inspiración cristiana: cielo e infierno, Dios y el Diablo. El movimiento Bole-Maru aún sigue en activo en algunos pueblos californianos. Lo mismo sucede con la Iglesia india de los shakers, que surgió hacia 1880. Los shakers aseguran recibir poder directamente de Dios, durante trances que se caracterizan por fuertes temblores. Esta Iglesia concede gran importancia a las curaciones de fe, por medio de cánticos que combinan melodías indias y una mezcla de versos tradicionales y cristianos. Sus ceremonias principales, que incluyen rituales de renovación del mundo tradicional tienen lugar hacia la Pascua y en agosto.