La conquista europea asestó un duro golpe a los métodos curativos tradicionales, entre otras cosas porque muchos nativos cayeron víctimas de nuevas enfermedades que diezmaron sus pueblos. Los traficantes, misioneros y médicos militares introdujeron los métodos sanitarios occidentales, y desde principios del siglo XIX el gobierno estadounidense contrató médicos para que visitaran a los niños indios en las reservas e internados cuando había epidemias. Hacia 1870, más de veinte tratados garantizaban algún tipo de servicio médico para tribus concretas. De aquellos acuerdos acabó surgiendo el actual Servicio Indio de Salud (IHS), que ofrece atención médica básica en la mayoría de las reservas. No obstante, el nivel de los servicios médicos para indios todavía está por debajo del de la población no india.
Sin embargo, aunque muchos indios reconocen sin lugar a dudas los beneficios de la medicina occidental, su aceptación ha variado según las naciones. La medicina occidental es totalmente laica, mientras que los sanadores nativos eran siempre personas sagradas. Por esta razón, muchos indios veían en la medicina occidental un instrumento más de la opresión blanca, que socavaba la cultura y la espiritualidad nativas. Durante años, los blancos han acusado de hechicería a los sanadores tradicionales, ridiculizando y condenando sus métodos de curación. En una fecha tan reciente como 1976, los médicos de una misión cristiana ordenaron a varias familias navajos que les llevaran sus hatos medicinales, para quemarlos. Muchos indios consideran que estas actitudes son insultantes, paternalistas y, sobre todo, sacrílegas. De hecho, la medicina nativa no ha sido erradicada. En la mayoría de las comunidades indias se utilizan todos los recursos accesibles, desde sanadores tradicionales a médicos particulares no indios y hospitales estatales.
Muchas personas siguen concediendo importancia a los antiguos métodos nativos de curación, pero con el declive de la educación tradicional, hoy día resulta más difícil formar sanadores (aunque varias instituciones docentes, como la Universidad de la Comunidad Navajo, ofrecen cursos). Muchas comunidades reconocen que deben asumir cada vez más responsabilidad en la gestión de los servicios sanitarios, y procuran compaginar los métodos y valores tradicionales con la medicina occidental.