Al igual que en muchas civilizaciones de Mesoamérica, los mayas creían que el mundo natural estaba impregnado de esencia espiritual, que los dioses o espíritus se manifestaban en las montañas, los ríos y el cielo, y que también podían encarnarse en la sangre, el maíz y el nenúfar. Pero resultaba más fácil identificar a la mayoría de las deidades en su aspecto antropomórfico o zoomórfico.
El principal dios del panteón maya era Itzamna («Casa del Lagarto»), considerado supremo dios creador y protector de la escritura y del aprendizaje y normalmente representado como un anciano con prominente nariz romana. Su consorte era Ix Chel («Señora Arco Iris»), diosa de la medicina, del tejido y los partos y posiblemente también de la luna.
El dios del sol, Ahau Kin, podía aparecer con aspecto de joven o de viejo y viajaba por los infiernos en la forma del dios jaguar entre la salida y la puesta del sol. Entre otros ciudadanos sobrenaturales de los infiernos destacaban el dios L, que solía llevar un complicado tocado de ave muan y se sentaba en un trono de jaguar, y el dios N o Pauahtun, frecuentemente asociado con la concha de las tortugas.
También eran importantes Gucumatz o Kukulkan, equivalente maya de Quetzalcóatl, la serpiente emplumada, un dios del maíz, Ah Mun, y el dios K, con un espejo humeante en la frente. Los cuatro dioses benévolos de la lluvia, o Chacs, anunciaban su presencia con rayos y truenos.