Sus orígenes están envueltos en misterios y leyendas, y los relatos contradictorios crean confusión. Sus historias épicas están influidas por los temas de origen típicos de Mesoamérica, como la emergencia de cavernas, y las largas y duras migraciones salpicadas de hechos míticos dramáticos.
Los episodios no son siempre secuenciales, las ubicaciones pueden ser lugares geográficos o míticos, y muchos hechos se borraron, añadieron o reelaboraron tras alcanzar el poder imperial.
Las profecías del dios Huitzilopochtli sobre la grandeza que debían alcanzar los mexicas son seguramente ejemplos de estos añadidos posteriores. Aún es más confuso el hecho de que el lenguaje del mito no es el de la historia, se basa en la alusión y la metáfora. Muchos hechos considerados como reales pertenecían al reino de la magia y los espíritus y no pueden ser interpretados al pie de la letra.
Los relatos del génesis mexicas suelen ser contradictorios, favoreciendo como punto de origen ya sea la isla de Aztlan o las cuevas tipo útero de Chicomoztoc, o bien una mezcla de ambas y otros lugares, como Culhuacán. A través del velo del mito percibimos el perfil, no sólo de la historia verdadera, sino de las realidades políticas, la intriga, las diferentes facciones y las maniobras que caracterizaron estos tiempos de formación y condujeron, por ejemplo, a la separación de una división tribal, personificada en Malinal-xochitl, la "hermana" de Huitzilopochtli.