Permaneciendo inmóvil sobre el cuerpo de Osiris, en figura de halcón, tal como está representado en los muros del santuario de Osiris en el templo de Abidos, Isis quedó encinta y, a su debido tiempo, alumbró a Horus.
Sin embargo, el malvado usurpador del trono de Osiris, Set, yendo un día de caza, descubrió el cuerpo en las marismas. Ambas diosas se habían ausentado, así que troceó el cuerpo en 14 partes y las diseminó por todo Egipto. Una vez más, la viuda doliente se lanzó a recuperar el cuerpo de su marido, ahora descuartizado.
La leyenda explica que viajó en un esquife de papiro y que, al saber los cocodrilos el motivo de su atribulado viaje, no la atacaron (tampoco lo hacen hoy en día en los relatos folclóricos modernos, puesto que en ellos se evoca a la diosa y su búsqueda).
Otra versión del mito explica que Isis enterró cada parte del cuerpo de su esposo donde la fue encontrando, y fundó allí un templo. Otra interpretación cuenta que reunió todas las partes, salvo una, el falo, que no pudo ser hallado porque el pez Oxirinco se lo había tragado.
Después de ello, el pez fue repudiado en todas partes, excepto en la ciudad de Oxirinco, en el Fayum, donde era considerado sagrado.
El cuerpo (o, según otra versión, sólo la cabeza) fue enterrado en Abidos, que se convirtió en el lugar más sagrado del antiguo Egipto; allí se construyó uno de los templos más bellamente decorados de tiempos del faraón Seti I (1291 -1278 a. C).
Normalmente, cada templo egipcio contaba con siete santuarios, dedicados respectivamente al propio rey, a Ptah, a Ra-Harajte, a Amón-Ra, a Osiris, a Isis y a Horus.
Anubis, el dios con cabeza de chacal, salió en ayuda de Isis cuando ya había reunido 13 partes del cuerpo, y fue él quien se encargó de embalsamar los restos de Osiris. No sólo actuaba como dios embalsamador, sino como guía de las almas, ya que las encaminaba hacia el occidente, el emplazamiento del "cielo" egipcio.